进入21世纪之后，随着中国快递市场的迅猛发展，申通快递的网络广度和深度进一步加强，基本覆盖到全国地市级以上城市和发达地区地市县级以上城市，尤其是在江浙沪地区，基本实现了派送无盲区。
2007年，申通快递有限公司（以下简称“申通快递”）正式成立，注册资本5000万，接替成立于1997年的上海盛彤实业有限公司作为申通快递网络总公司行使对整个网络的管理权，拥有注册商标“STO申通快递”，负责对申通快递网络加盟商的授权许可、经营指导、品牌管理等。随着国内快递需求的多样化，申通快递在继续提供传统快递服务的同时，也在积极开拓新兴业务，包括与阿里巴巴集团合作提供C2C和B2C电子商务物流配送服务、第三方物流和仓储服务、代收货款业务贵重物品通道服务等，在国内（包括港、澳、台地区）建立了庞大的信息采集、市场开发、物流配送、快件收派等业务机构，建立服务客户的全国性网络，同时，也积极拓展国际件服务，为国内最重要的电子商务物流供应商。
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