有区别，效力不同，合同专用章可以备案，具有法定效力。采购协议专用章肯定是单位自己刻制的，不符合公章备案的相关规定的，一般需要证明单位在其他场合使用并认可过该专用章的效力才会对使用单位有约束力。如果您是专用章的合同相对方，需要求相对方加盖单位公章。
法律依据：《中华人民共和国民法典》 第四百九十条?当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
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