1、“换发”。因《农村土地承包经营权证》严重污损、毁坏的应予换发。
“换发”应按照以下程序办理：
(1)承包方持有《农村土地承包经营权证》换发申请书和需要换发的《农村土地承包经营权证》。
(2)申请人持有二轮延包合同书。
(3)村民委员会审核同意后，在申请书上签字盖章。
(4)将申请书和需要换发的《农村土地承包经营权证》报送乡（镇）经管站审核。经审核后，并在登记簿上进行登记。
(5)由乡镇人民政府向市人民政府提出“换发”《农村土地承包经营权证》申请（后附有关材料一式两份），由市农业局经管站对乡（镇）人民政府报送的申请材料予以审核，符合规定后，上报市政府审批同意，并在登记簿上进行登记，填写《农村土地承包经营权证》，并在《农村土地承包经营权证》上注明“换发”字样，发给承包户。
2、“补发”。有下列情形之一的，依法“补发”《农村土地承包经营权证》：
(1)二轮延包时，应该取得而未取得土地承包经营权，现重新取得农村土地承包经营权的。
(2)承包耕地、园地、荒山、荒沟、荒丘、荒滩等农村土地从事种植业生产活动，已纳入集体土地统一管理，并登记造册，承包方依法取得土地承包经营权后，应颁发《农村土地承包经营权证》予以确认。
(3)二轮延包时，采取家庭平均承包方式取得农村土地承包经营权后，一直未颁发《农村土地承包经营权证》的。
(4)承包方《农村土地承包经营权证》遗失的。
(5)其他“补发”《农村土地承包经营权证》情形的。
“补发”应按照下列程序办理：
(1)承包方持有《农村土地承包经营权证》“补发”申请书。
(2)申请人持有生效的二轮延包合同书。
(3)村民委员会审核同意后，在申请书上签字盖章。
(4)将申请书及有关证明材料，报送乡（镇）经管站审核，并在登记簿上进行登记。
(5)由乡（镇）人民政府向市人民政府提出“补发”《农村土地承包经营权证》书面申请（后附有关材料一式两份），由市农业局经管站对乡（镇）人民政府报送的申请材料予以审核，符合规定的，在登记簿上进行登记，颁发《农村土地承包经营权证》，并在《农村土地承包经营权证》上注明“补发”的字样。
3、“变更”。是指承包户之间采取转让、互换方式流转农村土地承包经营权；或因其它方式导致农村土地承包经营权分立、合并的；或者部分承包地被依法征用、占用，导致农村土地承包经营权部分丧失的；或者错误填发《农村土地承包经营权证》。
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