一、保障的范围不同
城镇缴纳的社保是五险，灵活就业人员缴纳的是两险，也就是说不用缴纳生育保险、工伤保险、失业保险，那么缴纳灵活就业人员所产生的生育费用、意外伤害费用都是由自己承担的，发生的失业也不能申请领取失业金，而缴纳城镇职工社保的则是五个方面的保障均可以享受。
二、缴纳的费用标准不同
因为城镇职工所缴纳的社保为五险，灵活就业人员缴纳的是两险，在险种上有所差异，所以城镇职工社保的费用略高于灵活就业人员的社保，但是不会高太多。
三、退休时养老保险和医疗可直接叠加
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第五条 县级以上人民政府将社会保险事业纳入国民经济和社会发展规划。
国家多渠道筹集社会保险资金。县级以上人民政府对社会保险事业给予必要的经费支持。
国家通过税收优惠政策支持社会保险事业。
第六条 国家对社会保险基金实行严格监管。
国务院和省、自治区、直辖市人民政府建立健全社会保险基金监督管理制度，保障社会保险基金安全、有效运行。
县级以上人民政府采取措施，鼓励和支持社会各方面参与社会保险基金的监督。
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