抵扣发票丢失的处理办法： 1、使用专用发票抵扣联作记账凭证，其复印件留存备查； 2、由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，再由收票方主管税务机关审核同意。
《中华人民共和国发票管理办法》
第二十一条
不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。
《中华人民共和国发票管理办法》
第二十九条
开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。
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