法律分析：用人单位遇到员工主动申请离职，但同时又不做工作交接的情况，可以采取以下几种措施应对：1、可以与其约定支付经济补偿金需要在完成工作交接之时支付；2、在单位的规章制度中就员工离职、辞职时办理工作交接作出规定；3、在单位规章制度中规定，若不办理工作交接，给单位造成了损失的，要承担相应的赔偿责任。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第三十一条 劳动者解除劳动合同，应当提前三十日以书面形式通知用人单位。
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