根据土地管理法的相关规定，土地承包权证是用来证明土地承包经营者土地承包经营的产权证明的，而且对于土地承包经营权的流转和分置，也需要在这样的产权证明的情况下来进行，这是法律明文规定的。因此土地承包权证的作用非常大，是证明土地承包经营的产权证明，也是对于市场经济下的土地流转的有力保障。
一、集体土地流转方式有哪些规定？
《农村土地承包经营权流转管理办法》
第十五条承包方依法取得的农村土地承包经营权可以采取转包、出租、互换、转让或者其他符合有关法律和国家政策规定的方式流转。
第十六条承包方依法采取转包、出租、入股方式将农村土地承包经营权部分或者全部流转的，承包方与发包方的承包关系不变，双方享有的权利和承担的义务不变。
第十七条
同一集体经济组织的承包方之间自愿将土地承包经营权进行互换，双方对互换土地原享有的承包权利和承担的义务也相应互换，当事人可以要求办理农村土地承包经营权证变更登记手续。
第十八条承包方采取转让方式流转农村土地承包经营权的，经发包方同意后，当事人可以要求及时办理农村土地承包经营权证变更、注销或重发手续。
第十九条承包方之间可以自愿将承包土地入股发展农业合作生产，但股份合作解散时入股土地应当退回原承包农户。
第二十条
通过转让、互换方式取得的土地承包经营权经依法登记获得土地承包经营权证后，可以依法采取转包、出租、互换、转让或者其他符合法律和国家政策规定的方式流转。
综上所述，在拆迁厂房的时候，只要集体土地使用权流转的手续是合法的，肯定会保障当事人的合法权益。不过，如果确认厂房属于违章建筑，在拆迁的时候一般是没有补偿款的。
二、经营权证书的相关内容
《中华人民共和国农村土地承包法》有关规定
1、本法所称农村土地，是指农民集体所有和国家所有依法由农民集体长期使用的耕地、林地、草地，以及其它依法用于农业的土地。
2、国家实行农村土地承包经营制度。农村土地承包采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式，不宜采取家庭承包方式的荒山、荒沟、荒丘、荒滩等农村土地，可以采取招标、拍卖、公开协商等方式承包。
3、国家保护集体土地所有者的合法权益，保护承包方的土地承包经营权，任何组织和个人不得侵犯。
5、国家保护承包方依法、自愿、有偿地进行土地承包经营权流转。
4、县级以上地方人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。
5、承包期内，发包方不得收回承包地。
6、承包期内，发包方不得调整承包地。
7、通过家庭承包取得的土地承包经营权以依法采取转包、出租、互换、转让或者其它方式流转。
8、通过招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地，经依法登记取得土地承包经营权证或者林权证等证书的，其土地承包经营权可以依法采取转让、出租、抵押或者其它方式流转。
三、抵押条件要具备
（一）农村土地承包经营权要合法取得，并拥有具备法律效力的权属证明材料（如农村土地承包经营权证、合法合规的农村土地承包或流转合同）；
（二）土地承包经营权产权关系要清晰，符合“依法、自愿、有偿”的土地流转原则，农村土地承包经营权流转合同和相关手续符合国家法律、法规、政策；
（三）具备持续生产能力的果场、林场、养殖场、农业种植基地及其它符合抵押条件的农村土地；
（四）经营土地没有改变农业（或渔业、林业）用途。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》
第一条 为稳定和完善农村土地承包关系，维护承包方依法取得的土地承包经营权，加强农村土地承包经营权证管理，根据《中华人民共和国农村土地承包法》，制定本办法。
第二条 农村土地承包经营权证是农村土地承包合同生效后，国家依法确认承包方享有土地承包经营权的法律凭证。
农村土地承包经营权证只限承包方使用。
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