协议离婚后孩子抚养权的变更方式有：1.协议变更，男女双方，在离婚后，可以就子女抚养权问题，再次达成协议，决定变更；2.诉讼变更，一方想要变更子女的抚养权，可以另行起诉，只要符合可变更的法定条件，法院一般会判决变更的。
法律依据
最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释（一）第五十七条，父母双方协议变更子女抚养关系的，人民法院应予支持。
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