妨害动植物防疫罪的惩罚有：行为人违反有关动植物防疫、检疫的国家规定，引起重大动植物疫情危险，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。单位构成该罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处上述刑罚。法律依据：《刑法》第三百三十七条违反有关动植物防疫、检疫的国家规定，引起重大动植物疫情的，或者有引起重大动植物疫情危险，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
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