女方父亲有案底不影响与军人结婚，因为结婚是自由自愿的，但后期对军人的政治审查可能造成不利影响。军婚，是与现役军人形成婚姻关系的婚姻。军婚，受到国家法律重点保护，破坏现役军人的家庭婚姻关系，应受到刑法的严厉打击。现役军人是指正在中国人民解放军或人民武装警察部队服役、具有军籍的人员。退役军人、复员军人、转业军人和军事单位中不具有军籍的职工，均为非现役军人，其婚姻关系均不能按军婚办理。现役军人的婚姻受国家法律的特别保护，法律对军婚的结婚、离婚等问题均有特别规定。
军婚配偶一方父亲有案底政审能通过，因为配偶父母不属于政审对象。现役军人的配偶，应当是政治可靠、思想进步、品行端正的中华人民共和国公民。舰艇、空勤人员和从事机密工作人员的配偶，还应当无复杂的社会关系。现役军人一律不准与外国公民结婚，原则上也不得与香港、澳门特别行政区和台湾地区的居民结婚。现役军人不得与虽具有中国国籍但居住在外国或港澳台地区从事或参与危害国家安全、破坏国家社会主义建设活动的人员结婚;原则上也不得与此类人员的直系亲属结婚，但现役军人恋爱对象本现实表现良好、政治上确无问题的可酌情允许结婚。
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一千零四十六条结婚应当男女双方完全自愿，禁止任何一方对另一方加以强迫，禁止任何组织或者个人加以干涉。
第一千零四十九条要求结婚的男女双方应当亲自到婚姻登记机关申请结婚登记。符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。完成结婚登记，即确立婚姻关系。未办理结婚登记的，应当补办登记。
第一千零五十一条有下列情形之一的，婚姻无效：（一）重婚；（二）有禁止结婚的亲属关系；（三）未到法定婚龄。
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