发生医疗纠纷，首先可以医患双方进行协商调解，调解不成的，医患任何一方均可向主管卫生行政部门提出处理请求。卫生行政部门受理后会指派专人妥善保管原始资料，封存有关医疗物品，组织工作人员展开调查，并形成文字材料。调查研究后，卫生部门会给出处理意见，一般会再次协商调解。
协商不成的，会建议则建议患者或家属诉诸三级医疗事故鉴定委员会，进行鉴定。如对三级鉴定结论不服，可申请复仪或二级鉴定。如仍不服，则申请复议和一级鉴定。卫生行政管理部门和医疗单位根据鉴定结论和有关法规及制度作出相应处理。如对处理结果仍不服的，可以向当地基层人民法院提起诉讼。当然，双方自行协商、请求卫生行政部门处理都不是必经程序，也可直接向法院提起诉讼。
一、医疗纠纷处理程序之调解
首先发生医疗纠纷双方先进行调解，调解的方式有三种，可以选择其中一种方式或者一种调解不成功再用其他方式进行调解。调解方式如下：
1、医患沟通：医疗机构及医务人员有尊重患方知情权的义务，应当就患者病情及诊断治疗经过做出专业性的说明解释，加强与患方的沟通，消除误会、化解矛盾。
2、调解：医患双方通过沟通，遵循合法、合理、自愿的原则，互谅互让达成一致和解意见的，应当签订协议书，由医、患双方签字盖章。
3、第三方调解。医疗纠纷可以卫生行政部门第三方来进行行政调解。第三方处于居中地位，通过规范教育，说服引导当事人在平等自愿的基础上达成调解协议。
二、医疗纠纷处理程序之司法鉴定
如果医疗纠纷不能成功调解，那么可以进行司法鉴定，鉴定是否构成医疗事故，医疗事故等级是多少。根据司法鉴定结果走法律诉讼程序进行处理。司法鉴定包括医疗事故技术鉴定和司法鉴定。一般在三十个工作日内完成。医疗事故司法鉴定的程序包括委托、受理、鉴定、出庭等。
（一）委托
司法鉴定机构和社会专业司法鉴定人接受司法机关的委托，从事委托请求事项的司法鉴定；非诉讼案件鉴定的受托从其行业规定。
1、司法鉴定机构接受司法机关、仲裁机构的司法鉴定委托。
2、在诉讼案件中，在当事人负有举证责任的情况下，司法鉴定机构也可以接受当事人的司法鉴定委托。当事人委托司法鉴定时一般通过律师事务所进行。
（二）受理
司法鉴定机构收到委托书后，应对委托人的委托事项进行审核，并作出如下决定：
1、对于符合受理条件的，能够即时决定受理的，司法鉴定机构应当与委托人签订《司法鉴定委托受理合同》；
2、不能即时决定受理的，应当向委托人出具《司法鉴定委托材料收领单》，在收领委托材料之日起7日内对是否受理作出决定；
3、对于不符合受理条件的，决定不予受理的，应当退回鉴定材料并向委托人说明明理由；
4、对于函件委托的，司法鉴定机构应当在收到函件之日起7日内作出是否受理的书面答复。
（三）初次鉴定
鉴定机构受理案件后，应当指派具有社会专业司法鉴定资格的人员承担鉴定工作，同一鉴定事项应当由两名具有社会专业司法鉴定资格的人员进行。
（四）补充鉴定
有下列情形之一的，司法鉴定机构可以接受委托，进行补充鉴定：
（1）发现新的相关鉴定材料；
（2）原鉴定项目有遗漏。
三、医疗纠纷处理程序之法律诉讼
司法鉴定之后可以进行法律诉讼。双方当事人在法庭举证、持证，法院根据认定的证据依法作出判决。法院判决之后，任何一方当事人对一审法院判决不服的，可以自收到判决书之日起十五日内，向原受理法院的上级法院提出上诉。上诉期间原一审判决不生效。按照《民事诉讼法》的规定，上诉期满未上诉或两审终审后，判决即发生法律效力。
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