法律分析：协商不成的，应向法院起诉。
1、可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院。
2、拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起两年内到法院起诉。凭借欠条可以直接起诉建设单位，但是应当尽可能提供施工合同，竣工结算文件。
3、起诉时尽量申请财产保全，查封被告名下账户，可以保障案件判决的顺利执行。
一般情况下，双方应尽量协商解决。对于无法协商一致的，可采取诉讼或仲裁的形式来解决。向法院起诉要求还款，一旦超过了两年的诉讼时效，丧失胜诉权；胜诉之后，如果对方在履行期未履行法院判决，可以申请法院强制执行；法院在受理强制执行时，会依法查询债务人名下的房产、车辆、证券和存款；名下没有可供执行的财产而他又拒绝履行法院的生效判决，则会有逾期还款等负面信息记录在个人的信用报告中并被限制高消费及出入境，甚至有可能会被司法拘留；有能力而拒不执行的情况下，涉嫌拒不执行判决、裁定罪。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》
第十七条 基层人民法院管辖第一审民事案件，但本法另有规定的除外。
第十八条 中级人民法院管辖下列第一审民事案件：
（一）重大涉外案件；
（二）在本辖区有重大影响的案件；
（三）最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件。
第十九条 高级人民法院管辖在本辖区有重大影响的第一审民事案件。
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