土地承包经营权变更按照下列程序办理：
(1)承包方填写变更登记申请书。
(2)申请人持二轮延包合同书和《农村土地承包经营权证》。
(3)村委会在申请书上签字盖章。
(4)(发包方)证明材料，主要是已变更的农村土地承包合同。
(5)承包方将申请书、有关证明材料和《农村土地承包经营权证》，报送乡(镇)经管站审核。经审核后在登记簿上进行记载。
(6)由乡(镇)人民政府向市人民政府提出“变更登记”书面申请(后附有关材料一式两份)和承包户交回的《农村土地承包经营权证》。由市农业局经管站对乡镇人民政府报送的申请材料予以审核，符合规定的，在登记簿上进行记载。在原《农村土地承包经营权证》增减变动栏目填写增减变动地块名称及面积，并在证书上注明“变更”的字样。
一、农村土地承包证丢失在哪儿补办怎么办
(一)土地承包合同生效后，发包方应在30个工作日内，将土地承包方案、承包方及承包土地的详细情况、土地承包合同等材料一式两份报乡(镇)人民政府农村经营管理部门。(二)乡(镇)人民政府农村经营管理部门对发包方报送的材料予以初审。材料符合规定的，及时登记造册，由乡(镇)人民政府向县级以上地方人民政府提出颁发农村土地承包经营权证的书面申请料不符合规定的，应在15个工作日内补正。(三)县级以上地方人民政府农业行政主管部门对乡(镇)人民政府报送的申请材料予以审核。申请材料符合规定的，编制农村土地承包经营权证登记簿，报同级人民政府颁发农村土地承包经营权证请材料不符合规定的，书面通知乡(镇)人民政府补正。
二、农田确权后还可以更改吗
土地确权后可以变更，可以向当地乡(镇)人民政府农村经营管理部门，申请农村土地承包经营权变更登记。采取转让、互换方式流转土地承包经营权的，当事人可以要求办理农村土地承包经营权证变更登记。因转让、互换以外的其他方式导致农村土地承包经营权分立、合并的，应当办理农村土地承包经营权证变更。根据《农村土地承包经营权管理办法》第十五条规定，办理农村土地承包经营权变更申请应提交以下的材料：(一)变更的书面请求；(二)已变更的农村土地承包合同或其它证明材料；(三)农村土地承包经营权证原件。乡(镇)人民政府农村经营管理部门受理变更申请后，应及时对申请材料进行审核。符合规定的，报请原发证机关办理变更手续，并在农村土地承包经营权证登记簿上记载。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第十五条，办理农村土地承包经营权变更申请应提交以下材料:
（一）变更的书面请求；
（二）已变更的农村土地承包合同或其它证明材料；
（三）农村土地承包经营权证原件。
《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第十六条，乡（镇）人民政府农村经营管理部门受理变更申请后，应及时对申请材料进行审核。符合规定的，报请原发证机关办理变更手续，并在农村土地承包经营权证登记簿上记载。
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