法律分析：一、土地性质不同。棚户区改造房土地属于国家划拨的，属于经适房的一种，上市交易需要满足一定的条件。而商品房的土地是开发商有偿购买的，开发商可自行规定其价格并出售。
二、法律适用不同。房屋拆迁适用于《土地管理法》的相关规定。而对于棚改区，因为其属于国有土地，所以适用于《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定。
三、补偿标准不同。棚户区改造是政府为了改造城镇内的危旧住房推出的一项工程，补偿的费用通常比较低；而商品房拆迁赔偿是拆迁人对于被拆迁人所给予的补偿，补偿费用比较高，通常补偿额度等同于所拆迁房的市场价值。
法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》 第八条 为了保障国家安全、促进国民经济和社会发展等公共利益的需要，有下列情形之一，确需要征收房屋的，由市、县级人民政府作出房屋征收决定：
（一）国防和外交的需要；
（二）由政府组织实施的能源、交通、水利等基础设施建设的需要；
（三）由政府组织实施的科技、教育、文化、卫生、体育、环境和资源保护、防灾减灾、文物保护、社会福利、市政公用等公共事业的需要；
（四）由政府组织实施的保障性安居工程建设的需要；
（五）由政府依照城乡规划法有关规定组织实施的对危房集中、基础设施落后等地段进行旧城区改建的需要；
（六）法律、行政法规规定的其他公共利益的需要。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容