保护小股东权益的办法主要有以下两种方式：
1、在出现不分配利润等不利情形时，可以对公司的该决议投反对票，并请求公司回购股份；
2、在出现公司经营管理不善等损害股东利益的情形时，小股东可以联合起来请求解散公司。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第七十四条
有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：
（一）公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；
（二）公司合并、分立、转让主要财产的；
（三）公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。
自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。
第一百八十二条
公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。
小股东如何保护自己的合法权益
一、在公司为有限责任公司时，股东可行行如下权利
1、依法行使知情权
中小股东要想维护自己的合法权益，首先应当对公司的情况有充分的了解。
2、依法行使召集和主持股东会会议的权利
中小股东可以单独或者联合行使召集和主持股东会会议的权利，以维护自己的合法权益。
3、依法转让股权的权利
根据《公司法》第72的规定，股东依法享有转让自己所持股权的权利，依法行使转让权也是股东保护自己合法权益的一种方式。当中小股东与公司发生利益冲突时、或者认为公司前途不好时，自己不愿意再作该公司股东时，就可以通过转让自己所持股份的方式来结束与该公司的关系，并以此方式实现自己的财产权。
4、行使优先购买权
这是包括中小股东在内的所有股东享有的一项权利。中小股东应当充分利用这一规定来行使自己的这一权利。
5、依法请求公司按照合理的价格收购其股权的权利
这其实是一种保底性的权利，对不能控制公司命运的中小股东来说是非常重要的。
6、以自己的名义维护公司和自己合法权益的权利
如何保护隐名股东的股东权益
第一，采用书面协议明确显明股东和隐名投资者之间的权利义务关系。
第二，争取与其他股东以及公司签订书面协议，明确各方对股权代持的知悉和同意。
第三，积极参与公司管理，充分行使股东权利。
第四，关注显名股东持股情况，及时办理股权变更登记。
第一百七十九条 公司变更的登记
公司合并或者分立，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记；公司解散的，应当依法办理公司注销登记；设立新公司的，应当依法办理公司设立登记。 公司增加或者减少注册资本，应当依法向公司登记机关办理变更登记。
法律依据： 该内容由 齐凤律师 和 律说律答 共创回答
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