个人所得税是按扣除五险一金之后的工资计算。
应纳税所得额=工资收入金额-各项社会保险费-起征点(5000元)
应纳税额=应纳税所得额x税率-算扣除数
说明：如果计算的是外籍人士(包括港、澳、台)，则个税起征点应设为4800元。
按《个人所得税法》和国务院《个人所得税实施条例》规定，职工工资薪金所得，扣除应由个人缴纳的社会保险费和住房公积金，减除费用5000元后，适用超额累进税率，缴纳个人所得税。
职工应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数=(扣除三险一金后月收入-扣除标准)×适用税率-速算扣除数。
《个人所得税法》
第二条下列各项个人所得，应纳个人所得税：
一、工资、薪金所得;
第三条个人所得税的税率：
一、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五(税率表附后)。
(2011年6月30日第十一届全国人民代表大会常务委员会第二十一次会议通过，将九级超额累进税率由9级改为7级)
第六条应纳税所得额的计算：
一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。
《个人所得税法实施条例》
第二十五条按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
补发工资怎么扣税
根据有关规定,调资后补发以前数月的工资,可以分推到所属月份,与原来的月工资合并计算应缴个人所得税,扣除已缴纳的个人所得税,即为应该补缴的税款。
补发工资，应按照工资、薪金所得项目计征个人所得税。工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，即，纳税人月初第一日至月末最后一日，取得的工资、薪金所得，减除费用三千五百元后，依法计征个人所得税。
依据：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》(2011年7月19日国务院令第600号)第八条第一款“工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。”
《中华人民共和国个人所得税法》(2011年6月30日主席令第48号)第六条第一款“工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。”
第九条第二款“工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月十五日日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。
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