1、时间期限不同：当年余额是当年一年所剩的余额，历年余额是几年累积所剩的余额。即当年余额就是当年充的费用所剩余额，历年余额是指由之前几年所剩余额积攒所剩余额。2、使用范围不同： 当年账户里面的钱可以用来支付门诊、急诊、院前急救、定点零售药店购药的费用。 历年账户中的钱可以用来支付门诊、急诊（含院前急救）自负段的医疗费用以及附加基金支付后剩余部分的医疗费用。历年账户金额的适用范围更广，凡是需要个人负担的部分、医保无法报销的部分都可以使用，但当年账户金额的使用范围就要窄了很多。 3、金额不同：历年账户的余额高于当年账户余额。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第六十四条?社会保险基金包括基本养老保险基金、基本医疗保险基金、工伤保险基金、失业保险基金和生育保险基金。除基本医疗保险基金与生育保险基金合并建账及核算外，其他各项社会保险基金按照社会保险险种分别建账，分账核算。社会保险基金执行国家统一的会计制度。 社会保险基金专款专用，任何组织和个人不得侵占或者挪用。 基本养老保险基金逐步实行全国统筹，其他社会保险基金逐步实行省级统筹，具体时间、步骤由国务院规定。
第六十五条?社会保险基金通过预算实现收支平衡。 县级以上人民政府在社会保险基金出现支付不足时，给予补贴。
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