二次抵押房产证不会被收走。
房子已经办理过一次抵押贷款，并仍在还款中，再次做抵押贷款叫二次抵押贷款，有前提条件要求：
1、已办理房产证；
2、房产减掉此前抵押贷款金额还有余值。如果此前办理的抵押贷款金额较房产价值小得多，比如房产值100万，只抵押贷款了10万，那还有90万余值；
3、二次抵押只能以余值作为抵押物价值，一般银行贷款会打折扣的，比如打6折的话。就只能抵押贷款90乘0、6就是54万；
4、如果做二次抵押最好是再同一家银行做追加抵押比较好操作。
房子二次抵押贷款的危害：
1、贷款利率高。因为银行或小贷机构所承担的压力较大，因此在办理二次抵押贷款的时候，贷款利率往往都很高，且贷款利率是按照月来计算的，一般情况下，二次抵押贷款每月支付的贷款利息为贷款额度的5%左右；
2、还款过程无协商。二次抵押贷款在还款过程中银行要求尤为严格，在还款过程中，一旦还款者不能还款，银行或小贷公司将立即将二次抵押的抵押物进行拍卖，而不会给抵押者协商的机会。因此申请者必须注意还款时间。
综上所述，二次抵押房产证的存放可以与债权人进行约定。
【法律依据】：
《中华人民共和国民法典》 第三百九十七条
以建筑物抵押的，该建筑物占用范围内的建设用地使用权一并抵押。以建设用地使用权抵押的，该土地上的建筑物一并抵押。 抵押人未依据前款规定一并抵押的，未抵押的财产视为一并抵押。
第三百九十八条
乡镇、村企业的建设用地使用权不得单独抵押。以乡镇、村企业的厂房等建筑物抵押的，其占用范围内的建设用地使用权一并抵押。
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