当事人申请法院整体回避的，则应当就该案件更换法院进行管辖。根据《刑事诉讼法》的相关规定，上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十六条 几个同级人民法院都有权管辖的案件，由最初受理的人民法院审判。在必要的时候，可以移送主要犯罪地的人民法院审判。 《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十七条 上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。 《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十八条 专门人民法院案件的管辖另行规定。
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