1. 缺乏财政支持想要办好学校的卫生事业，必须要取得财政的支持。 但是在现实生活中，实际工作的这些经费并未被落实，教育管理部门对学校卫生工作并未予以充分的重视，没有积极支持学校卫生工作的经费投入，对于一些落后的偏远山区，出现“穷者更穷”的现象，学生的课桌椅依旧是破旧不堪的，教室非常简陋，学生依旧坚持学习，这样的现象还是有很多。
2.缺乏对卫生工作的正确认识很多中学十分重视学生的学习，将主要的精力都放在学生的学习上!认为其他的一律都不重要，可有可无，学生只要学习好就好。卫生工作可有可无，没有必要强调，更没有必要开展，没有正确的认识，可想而知卫生工作根本无从开展。
3.管理不善
管理不善主要是因为缺乏专业的卫生负责人员，目前，大多数中学都没有设置独立的卫生工作部门,要是没有管理部门，很多中学生就会失去约束，从而做出一些破坏校园环境的行为。
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