围沟北边为墓葬区，这里主要是埋葬成年人的公共墓地，埋葬的形式有仰卧伸展葬，伏卧葬，屈肢葬等各种形式，但头部一律朝西。另外还有5例为集体改葬的二次葬。这个有名的墓葬遗址说明当时人们非但已经有了比较复杂的灵魂观念，而且已经有了葬礼这种宗教行为。
当原始人类还差不多过着动物般生活的时候，他们还不能将自己同自然分开，对于自身的生死没有那么关注。周口店发现的北京猿人生活在距今大约四五十万年前，他们的尸骨被随意乱扔，说明他们还没有产生灵魂观念，更不要说还会想到人死后灵魂将到另一个世界继续生活的宗教观念。从考古发现，宗教最早产生于大约距今十几万年前的旧石器时代中期，在我国山顶洞人的遗骸周围，就发现撒有含赤铁矿的红粉末，并有钻孔的兽齿，石珠，骨坠等装饰品做为陪葬，说明当时就已经有了灵魂不死的观念和对鬼神的崇拜。半坡遗址的年代约在新石器时代晚期，当时对于灵魂观念，鬼魂崇拜有了进一步的发展，因而当时已有了较复杂的灵魂观念和墓葬方式如死者头部朝西，表明灵魂的去向，可能与是否傍晚太阳在西方落下表明一天结束的观察中受到启发，认为人死后也像太阳落山，到西方的另一个世界。半坡村墓葬遗址中，儿童和成人墓地分开，反映了人们已对灵魂做出区别，相信冥间也有年龄层次的分别。此外，从墓葬中也可以看出仰卧伸展葬者可能为当时氏族中地位稍高一点的人或一般的村民，而伏卧葬，屈肢葬者为当时氏族战争中被俘获的人或者是一些因疾病死亡的人。人们认为他们因怨而死，死后灵魂无法安宁，一定会成为怨鬼作祟于人间，所以必须用残酷手段处置他们，使他们无法作祟于人间，实行二次捡骨葬可能是认为尸体腐烂以后灵魂才能最终从肉体中解脱出来获得自由或转生。
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