13日上午十时整，河海大学青马工程学员、国防生代表、学生代表聚集在校内南京死难者清凉山丛葬地“侵华日军南京清凉山遇难同胞纪念碑”前，沉痛悼念和缅怀逝去的同胞。在庄严肃穆的气氛中，近千名师生佩戴白花，面向纪念碑列队肃立，齐声高唱国歌，国歌唱毕，全场向死难者默哀一分钟，同一时间，防空警报声响彻南京上空，校园内外汽笛齐鸣，行人也纷纷驻足面向纪念碑方向默哀。默哀毕，学生代表向纪念碑敬献了花篮。师生代表在发言中说，国家公祭、民族呼声，河海同心、开创未来，铭记历史、勿忘国耻，以史为鉴、珍视和平，凝聚力量、奋发图强，团结一心、自强不息，用知识的力量，用责任的担当，真正成为打造中华民族伟大复兴“中国梦”的“筑梦人”。最后全场人员绕纪念碑一周并献花。活动中，很多社区居民以及远道而来的校友和民众也纷纷在纪念碑前敬献鲜花，进行悼念。中央电视台和江苏卫视对悼念活动进行了现场直播。
自11月底以来，河海大学的同学们自觉自发组织了国防生主题教育活动、学生骨干主题教育活动等各类悼念祭奠活动，通过宣誓、签名、手折紫金草和千纸鹤、电影展、发放宣传手册、陈列展板以及签名墙等活动寄托对遇难同胞的哀思，表达不忘国耻、圆梦中华的决心。参加活动的同学们们纷纷表示公祭日活动不仅是对历史的尊重，对死难者的悼念，也是对世人的警示，作为青年大学生，要时刻铭记历史，以史为鉴，居安思危，奋发向上，为实现中国梦而努力奋斗。此前，为迎接首个死难者国家公祭日的到来，河海大学还开展了系列悼念活动，参加了“紫金草行动”，与多家媒体共同开展了多次祭扫活动，以加强广大青年学生的爱国主义教育，激发当代大学生为实现中华民族伟大复兴而不懈奋斗的正能量。