分公司与子公司在纳税方面是存在本质区别的。分公司不具备独立法人资格，因此不可以独立核算，在税收管理上，分公司的增值税等流转税可以由分公司自己汇算缴纳，但所得税是先缴纳最后由总公司汇算清缴多退少补。但是，子公司是独立的法人，必须独立核算，独立申报纳税。
《中华人民共和国企业所得税法》
第五十条
除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业以企业登记注册地为纳税地点；
但登记注册地在境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第二十二条
增值税纳税地点：
（一）固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；
经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。