法律分析：保险合同是双方约定的法律关系，根据保险合同约定，保险公司认定脑中风深度昏迷为“特殊疾病”需要满足保险合同条款的规定。同时，保险公司认定的具体标准也需要具体参照保险合同的条款。
法律依据：
1.《保险法》第十二条：保险合同应当采取协议方式订立，并载明保险合同当事人、标的、保险金额或者保险费、保险期间、保险责任和免责条款等内容。
2.《保险法》第十九条：保险人拒绝承保的，应当及时通知被保险人，并说明理由。
3.《特殊疾病保险条款》：特殊疾病保险是指以某些特定疾病作为保险标的的保险，保险合同中应当明确特定疾病的范围和诊断标准等内容。
综上所述，保险公司认定脑中风深度昏迷是否为“特殊疾病”，须根据具体保险合同条款规定来判断。同时，保险公司应当及时通知被保险人，并说明理由。