如何完善科学事业单位内部控制制度
加强内部控制意识的培训重视内部控制管理与监督
内部控制是机关事业单位的一项综合性管理活动，涉及组织、人事和财务管理等多方面。针对主要领导人和大部分科研人员内部控制意识不强的情况，应该加强关于内部控制意识的培训，强化主要领导的“第一责任人”意识。
加强对预算执行情况的控制分析
各项收支应编制预算，统一核算;预算一经下达执行，不得调整，如需追加，应严格审批制度;应定期反馈预算执行情况;预算执行完毕应对预算执行情况进行分析、考核并采取改进措施;明确规定财政预算资金实行责任人限额审批，超出限额的实行集体审批，重大项目支出由单位办公会议讨论决定，严格控制无预算的资金支出。
加强单位内部牵制制度
对具体业务分工时，不能由一个部门或一个人完成一项业务的全过程，而必须由其他部门或人员参与，并且与之衔接的部门或个人能自动地对前面已完成工作的正确性检查。比如授权批准控制和职务分离控制。
加强审计监督职能
内部控制制度建立后能否切实实施,需要内部审计部门和外部力量共同予以保证。内部审计既是内部控制的一个部分，也是监督内部控制其它环节的主要力量。内部审计通过监督控制环境和控制程序的有效性，监督内部控制是否被执行并及时反馈有关执行结果的资讯，帮助科学事业单位更有效地实现预期控制目标。同时，在监控过程中，内部审计可以促进控制环境的建立、为改进控制制度提供建设性建议，为组织成功的达到所需要的内部控制水平服务。另外还可以借助外部审计机关再对科学事业单位内部控制制度及其实施情况进行审计。
加强计算机信息技术控制
目前，计算机已在各行业得到普遍应用，会计电算化基本实现，但计算机使用的管理制度往往被忽视了。特别是在财务人员使用计算机方面，管理人员与操作人员没有严格的岗位和职责分工，岗位权限没有设置，不使用密码防止非法操作和越权操作，这些现象应引起我们足够重视。
加强对财务人员的控制
提高财务人员素质，进行岗位轮换;加强对财务人员的继续教育，重视业务技能的培训，提高其工作能力;对财务人员进行职业道德教育和培训;对财务人员进行反腐倡廉的教育。