公司亏损股权转让要交税。股权转让的税款与转让金额有关，与公司亏损无关，股权转让应当缴纳的税款包括增值税、企业所得税、个人所得税等。应纳税所得额为股权转让的收入额减除财产原值和合理费用后的余额。
《中华人民共和国个人所得税法》第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税： （一）工资、薪金所得； （二）劳务报酬所得； （三）稿酬所得； （四）特许权使用费所得； （五）经营所得； （六）利息、股息、红利所得； （七）财产租赁所得； （八）财产转让所得； （九）偶然所得。 居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。