起诉第三次且已经分居两年的处理要看具体情况。若无特殊情况,法院应当会判决离婚。
《民法典》第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
分居两年诉讼一次能判离婚吗
仅靠分居两年不可以强制离婚，还要有其他条件才可以。有关司法解释规定，因感情不和分居满2年可以判决离婚。需要注意的是分居必须是因感情不和引起的,如因工作学习等原因引起的分居2年以上不是离婚的法定条件。未分居但具备其他法定条件的仍可以判决离婚。共同生活是夫妻双方的基本权利和义务，如果长期不在一起生活，夫妻关系只是名分。因此，法律规定因感情不和分居满两年，法院应当准予离婚。但是，要注意，必须是因为感情不和导致分居，并且满2年的时间，法院才会予以判离。
分居两年离婚
法律是没有规定，不论分居多长时间，如果双方都不提出离婚，婚姻不会自动解除的。如果起诉到法院离婚，分居满2年，法院会支持离婚。双方感情破裂，可以直接办理离婚手续，如果双方对财产分割、子女抚养等达不成一致意见的，可起诉到法院离婚。在诉讼中，如果调解不成，应当判决准予但是非因感情不和而分居的，不能适用该项规定。
《民法典》第一千零七十九条 【诉讼离婚】夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
(一)重婚或者与他人同居;
(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改;
(四)因感情不和分居满二年;
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予
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