已经抵押的房产仍然可以查封，但不影响抵押权人行使权利。
有一些已设定抵押的房地产，如果担保的债权数额较大，在拍卖该房产后可能无剩余的，人民法院就不再对该房产进行查封。已经查封的房屋不应再设定抵押。因为查封某一房产，就应当禁止对该房产进行处分。人民法院也只承认该房产在被采取查封、扣押之前已经设定的抵押权的效力。
办理房产抵押贷款有以下风险：
1、违约风险。
就算抵押权人是银行，借款人办理房产抵押贷款也是存在违约风险的，违约风险包括被迫违约和理性违约。被迫违约是指借款人因为自己的一些原因导致被迫违约是因为支付能力不足，这说明借款人有还款的意愿，但无还款的能力。理性违约是指借款人主动违约，权益理论认为在完善的资本市场上借款人可仅通过比较其住房中特有的权益与抵押贷款债务的大小，作出违约与否的决策。
2、流动性风险。
房产抵押贷款是存在一些性风险的，其中包括流动性风险，流动性风险是指资金短存长贷难于变现的风险。现如今房产抵押贷款的流动性风险体现在我国的住房贷款主要来源于公积金和储蓄存款，银行吸纳的储蓄存款属于短期存款，一般只有三五年，而住房抵押贷款却属于长期贷款。
3、经济周期风险。
关于经济周期风险是比较少见的，是指在国民经济整体水平周而复始的波动过程中产生的风险，相比其他产业，房地产业对于经济周期具有更高的敏感性。
4、利率风险。
利率风险相信大家都懂，就是指贷款利率水平的变化，给银行的资产价值带来的风险。利率风险是由其业务短存长贷的资本结构所决定的，利率的波动无论是涨还是跌对银行都会带来损失。如果利率上涨，住房抵押贷款的利率也随着上调，就可能增加借款人的偿贷压力，借款额度越高，借款期限越长，其影响程度也就越大，从而增加了违约风险。
法律依据：
《关于适用(中华人民共和国担保法)若干问题的解释》
第五十五条
已经设定抵押的财产被采取查封、扣押等财产保全或者执行措施的，不影响抵押权的效力。