南京正规的亲子鉴定机构只有四家，可去江苏省司法厅网站查询：江苏省人民医院司法鉴定所、南京医科大学司法鉴定所、南京市红十字血液中心、南京东南司法鉴定中心。
每年会有新的机构增加或者减少，所以没有固定机构数量。如果有需要可以通过南京的司法厅或司法局查找有“法医物证司法鉴定”许可证的司法鉴定所，可以通过司法厅或司法局找到联系地址和电话的。做亲子鉴定必须选择正规的鉴定所，鉴定结果才有保证，才能被国内公检法认可。
如果您做亲子鉴定是为了要孩子的抚养权的话，关于孩子的抚养权，法律是这样规定的，离婚的时候，关于孩子由谁抚养，主要考虑三种情况：第一种，对于未满2周岁的孩子，夫妻二人离婚后，倾向于孩子归母亲；第二种，对于已满2周岁不满8周岁的未成年，先由孩子的父亲、母亲协商，如果两个人之间能够协商一致，则根据他们协商的结果来处理。如果对孩子抚养协商不成的，那么，人民法院需要按照最有利于孩子的成长的方式来指定监护人。第三种，对于已满8周岁的未成年，则要尊重该未成年人的意愿，在尊重其意愿的基础上，判决抚养权归属。
【法律依据】《民法典》第一千零七十三条 对亲子关系有异议且有正当理由的，父或者母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。
对亲子关系有异议且有正当理由的，成年子女可以向人民法院提起诉讼，请求确认亲子关系。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》
第三十九条父或者母向人民法院起诉请求否认亲子关系，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定否认亲子关系一方的主张成立。
父或者母以及成年子女起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定确认亲子关系一方的主张成立。