手册办理流程如下：
一、先申请办理加工贸易业务批准证。（办这个证就需要用到外经委的电子钥匙进行网上申报）。具体流程及所需要资料如下：
1） 进口料件合同（复本）
2）出口成品合同（复本）
3）加工贸易业务批准证申请表 （网上系统里有表格可以填好，等主管外经贸部门审核通过后打印现来即可）这里需要注意的是上面的所有信息都是跟据进出口合同上的金额，数字及品名来填的，不可以与进出口合同不一致。
4）进口料件备案登记表 （网上系统里有表格可以填好，等主管外经贸部门审核通过后打印现来即可） 这里所填报的进口料件要与进口合同一致，且要与以后要办理的手册上的进品料件一致，尤其是海关编码不可以选错，品名描述一定要按海关规定来填写，因为这里审批好之后还要去海关审批，如果通不过去改单比较麻烦和费时。且进口的料件一定要与这个数字一致，多进少进都不行，多进的要补税，少进还比较好处理一点。
5）出口成品备案登记表 （也是在网上填好，发到当地外经贸主管部门审核的） 出口成品要与合同一致，且以后出口要严格按照此表格上的数量来出货，多出少出都不行。否则无法核销的进口料件或补进口关税。
6）成品对应料件单耗表。 这里要填的是成品单耗（这里的单耗是含正常损耗的，也就是你填上去的数字乘以出口成品数量要刚好等于进品料件数量，不能有余料的）。 这个是进料和来料加工中最难做的一点，单耗一旦备案是不能更改的，如果错了，让海关查出来，余料一般要补税或交到海关仓库的。
所有资料填好后发到当地主管外经贸部门审批，这里需要注意的是以上6份表格要准备1式4套（所有单证上要敲公章），一套一套按顺序订好，拿过去审批。 拿去之后，外经贸主部门留一套，发给你三套，其中有一套是需要拿到海关备案的（上面盖有骑缝章），一套自已留底（以后要改单或是内销或是什么样的时候要用），还一套要到国税局备案。
二、外经贸主管部门备案好之后，拿外经贸主管部门审批的，《加工贸易业务批准证》到国税备案。记得把三套全拿去，国税会留下一套备案，另外两套敲章还给你。
三、这些都办好之后就可以用CJ20xx系统进行网上审报手册了。 办理手册需要提交的资料如下：
1）外经贸主管部门审批签发的《加工贸易业务批准证》（记得这一套是外经贸主管部门盖骑缝章的那份，里面有进口料件合同和出口成品合同。）
2）委托加工协议（如是有自营进出口权的工厂，就不用了）。
3）企业生产能力证明（ 如属于委托加工行为，两家单位都要的）.第一次办理要正本，以后可以复印件盖公章。
4）银行开户许可证 （每次办理手册都要，需要多复印一些留着，要用时盖上公章即可）
5）加工贸易合同备案申请表 表一:加工贸易合同概况表，需要用到CJ20xx系统在网上填写，填好后发到海关审核。这份与办理加工贸易业务批准证要填的内容差不多，在做的时候一定要做到彼此一致。 嘉兴海关是到这个网起址办理的：
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6）表二:进口料件表 要求办理加工贸易业务批准证一样
7）表三：出口成品表 与办理加工贸易业务批准证时一样的'内容要填
8）表四：成品对应料件单损耗情况表 与办理加工贸易业务批准证时一样的内容要填,而
且要做到彼此一致。 5）到8）点所有表格都是到CJ20xx里面网上填报，发送到海关的，在海关有确认之前要自已打印出来敲公章，因为海关一旦确认之后，手册核发掉之后，这几份表格你就无权调出来了，到海关调单出来要收费的。
9）中华人民共和国海关加工贸易单耗审报单， 这份表格是到海关的网站上下载，并自已填好打印的，敲上公章。具体可以参考海关总署公告20xx年第23号，这份公告各地海关网站上都有，用GOOGLE搜一下就出来，下面有附件的。
10）空白手册一本。到海关买的，RMB5块一本，记得拿到之后在上面盖上公章。 把上面提到的所有东东都放在里面，交到海关。
11）排料图，这个很重要，是海关审核服装企业单耗是否合理的依据。如果不是做服装的企业，需要提供的是其它资料，以证明自已的出口成品是需要用多少原料的。
上面10份单证是每次办理手册需要提交的单据，如果是第一次到海关办理手册，还需要提交以下资料：
1) 营业执照（复印件盖公章） （如委托加工，则两家单位都要）
2) 税务登记证（复印件盖公章）（如委托加工，则两家单位都要）
3）组织机构代码证（复印件盖公章）（如委托加工，则两家单位都要）
4）房屋产权证（复印件盖公章）（如委托加工，则两家单位都要）
5）外商投资企业业务批准证（如是三资或外贸投资企业需提供）
6）生产单位开户许可证（第一次办理，属于委托加工的要提供，如果是自已进料，自已加工，就没有这份文件了）
上面6份资料需要扫描通过CJ20xx系统上传到海关和填好的表格一起发送到海关。
如果没有问题，海关审好之后就可以交钱拿手册了（所交金额大概在70块，是海关的预录入费），如果第一次办理要交风险担保金（与进口关税+增值税等值金额），交完之后才可以拿手册。 第二次办理就不用交了。 但是如果你们进口或出口的产品属于限制类的，则第二次要交保证金，而且如果你的加工单位或经营单位任何一方是属于厂房租赁的，第二次办理还是要交风险担保金的。