小儿肺炎支原体肺炎如不及时治疗，会并发全身各个系统的疾病。
1、耳痛。
2、皮肤损害：男性为多。出现皮疹，有红斑、疱疹、斑丘疹、荨麻疹及紫癜等，多发生在发热期。
3、消化系统症状：大多为非特异性表现，常发生在疾病早期。还可并发肝炎、肝肿大、血清转氨酶升高。多数患者的肝功能随肺部炎症的痊愈而趋于正常。
4、肌肉、关节损害：出现关节痛和非特异性肌痛。关节炎及关节痛：主要是多大、中关节的多关节症状，多呈游走性。肌痛：一过性肌肉酸痛等。
5、神经系统并发症：如无菌性脑膜炎、脑膜脑炎、颅神经麻痹、小脑共济失调、周围神经炎等。多在有呼吸系统症状7～14天后出现神经系统症状，约1/5直接以神经系统症状起病。
6、心血管系统并发症：如心肌炎、心包炎、急性心力衰竭、房室传导阻滞。