蜂蜜结晶的实质是葡萄糖的结晶，因为葡萄糖具有容易结晶的性质，而蜂蜜又是葡萄糖的过饱和溶液，很容易受其内在因素或外部条件的影响，过度到结晶状态。当蜂蜜储存在5--14℃的条件下，很容易出现结晶现象，特别是在13-14℃时，为蜂蜜的最适宜结晶温度。在低于5℃或高于27℃的条件下，不容易出现结晶。结晶的趋向和速度取决于蜂蜜中含结晶核的多少、含水量、温度和蜂蜜的品种。有的蜂蜜出现结晶快，如油菜蜜、棉花蜜等;有的蜂蜜出现结晶慢，如枣花蜜等。蜂蜜的结晶是一种纯物理变化，并非发生化学变化，蜂蜜没有变质，可以正常食用。
如果买回来的蜂蜜发现出现了结晶现象，可以放在50℃的水浴中使其溶解后继续食用，或直接食用结晶蜜亦可，但所用的水的温度不宜过高，最好不要超过50-60℃，因为蜂蜜的结晶体在40℃以上就开始溶解，而且温度过高，会破坏蜂蜜中的有效物质，如生物活性酶、等。
另外蜂蜜的贮存要注意以下问题，首先，因为蜂蜜是高浓度的过饱和溶液，有较强的吸湿性，所以在存放时要用密闭容器，置于干燥处;否则蜂蜜极易吸收空气中的水分而发酵变质。再则，蜂蜜贮存要放在阴凉处，温度在20℃以下为宜(为避免结晶，不要在13℃-14℃的温度条件下存放)，要避免阳光直接照射，否则会使蜂蜜中的羟甲基糠醛含量增加，影响蜂蜜的品质。其三，蜂蜜不得与有异味、不卫生、有毒的物品一起存放。