关于加班费计算基数约定优先原则的适用并非不受任何限制，双方约定违反法律强制性规定的，当然无效。因此，用人单位与劳动者约定加班费计算基数，应当特别注意以下两点：
1、加班费计算基数不得畸低于劳动者正常工作时间工资标准。用人单位员工工资结构通常分很多细项，但计算加班费时仅以基本工资或底薪作为计算基数，这种情况相对较多，偶尔有用人单位以基本工资或底薪与其他工资项目之和作为计算基数，也并没有包括所有工资项目。如果用人单位与劳动者约定的加班费计算基数畸低于劳动者正常工作时间工资标准，该约定将因违反法律的强制性规定而归于无效。
2、加班费计算基数不得低于最低工资标准。最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定，在法定工作时间或劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。最低工资标准是劳动者正常工作时间工资的底线，也是法律关于工资的强制性规定，劳动者正常工作时间工资不得低于最低工资标准，因此用人单位与劳动者约定的加班费计算基数，不得低于最低工资标准，否则该约定将因违反法律的强制性规定而归于无效。根据《最低工资规定》（劳动和社会保障部令第21号）第十条的规定，最低工资标准每两年至少调整一次。由于最低工资标准调整周期短，而劳动合同关于加班费计算基数约定的变更不及时，经常出现滞后导致约定失效。因此，当本地最低工资标准作出调整后，用人单位应当及时调整加班费计算基数的约定。综上所述，加班费计算基数不得低于最低工资标准，用人单位应当依法支付劳动者的加班费用，当劳动者遇到企业以最低工资标准计算加班费的，可以依照法律规定向企业单位提出异议，必要时可以采取劳动仲裁、诉讼维护自己的合法权利。