随着高等教育事业的迅速发展、教学改革的不断深入以及办学规模的不断扩大，高职院校人才培养模式也发生了重大变化，其中高职院校管理工作面临着一系列新的问题和挑战，教学管理成为学校管理的核心内容，教学管理水平的高低直接影响到学校的教学和人才培养质量，甚至影响到学校的生存和发展。为了提高教学管理水平，迫切需要建立一支高素质、高水平的教学管理队伍。教学秘书是教学管理队伍的重要组成部分，在教学活动中起着举足轻重的作用。
（一）领导层不重视，缺乏有效的管理制度。
“重教学、轻管理”是目前高校普遍存在的现状。学校对教学秘书的工作重视程度不够。具体表现如下：
第一，学校没有完整的规章制度规范教学秘书队伍，譬如日常工作制度、利益分配制度、干部聘任制度、职称评定制度、评奖评优制度等等。领导层主观思想不重视，认为教务工作业务性不强，只是简单的课程安排、成绩管理等日常事务性的工作，任何人都能干这份工作，从而导致教学秘书队伍人员混杂，流动性大。
第二，各学院对教学秘书工作也不够重视，认为教学秘书就是个打杂工，随便用，能者多劳；有的学院教学秘书没有独立的办公室，而是和学院的行政办公室合二为一，责任不明确，办事效率低下。
第三，教学秘书外出学习、培训交流的机会极少。即使有也轮不到教学秘书，而是由分管的相关领导取而代之。
（二）教学秘书队伍不稳定，人员流失较大。
由于教学管理工作没有得到高度重视，而其工作性质又导致教学管理岗位职称难以解决，提升职务又非常困难。据了解各高校教学秘书很少为高级职称，职务也以科员或科级干部为多，很少能够有更好的发展空间，在现职岗位上享受的待遇往往也很低，这些实际问题严重挫伤了教学秘书的工作积极性，这使得他们不能安心本职工作，有合适的机会就想换岗，这种人员变动频繁，队伍不稳的状况严重影响着教学管理工作的开展。