1、本罪与搜查工作中的错误行为的界限例如，侦查人员依法搜查时没有请见证人到场，或者没有向被搜查人出示搜查证，搜查妇女身体时不是由女工作人员进行等，属于合法搜查中的错误行为。2、本罪与非法搜查为手段的其他犯罪的界限非法搜查罪一般是以目的行为不构成犯罪（如为了查找欠物）为前提的，如果行为人出于其他犯罪目的（如为了抢劫）而对他人人身或住宅进行搜查的，应以目的行为吸收非法搜查行为，按目的行为定罪，如定抢劫罪。3、本罪与非法侵入住宅罪的界限两者常常具有一定的牵连关系。当行为人非法侵入他人住宅的目的是为了进行非法搜查时，一般以后一行为吸收前一行为，定非法搜查罪。但是，如果前一行为情节恶劣而后一行为情节一般，则以前一行为吸收后一行为，定非法侵入住宅罪。4、本罪与抢劫罪、盗窃罪、侮辱妇女罪等的界限后面这些犯罪在客观方面亦可能采取非法搜查的行为，此时非法搜查仅是实施其犯罪的手段行为，如盗窃犯罪分子在侵入他人住宅后非法翻箱倒柜、盗走他人珍贵物品的，就包括了非法搜查的牵连行为，此时，如果构成他罪的，应择一重罪即后者定罪科刑。倘若不构成他罪，如非法搜查后仅是盗取少量财物，但情节恶劣构成犯罪的，则可以以本罪论处，而把其他行为作为本罪的一个量刑情节予以考虑。5、本罪与伪造、变造、买卖国家机关证件罪，盗窃、抢夺国家机关证件罪的界限一般情况下，本罪与后者不会发生混淆。但在伪造、变造或者买卖司法机关的搜查证后又进行非法搜查的，其既触犯本罪与后罪，对之，可以牵连犯择一重罪处罚的原则进行处理。如果行为人出于非法占有的目的，在伪造司法机关的搜查证后又冒充司法人员进行搜查，且劫取他人财物的，则应以抢劫罪定罪科刑，而不是构成本罪，亦不是构成伪造国家机关证件罪等。