破产抵销权的行使，不仅关系到破产抵销权人的利益，而且关系到破产财产及全体破产债权人的利益，因此，应当遵守以下规则。
(1)破产抵销权的行使，应以管理人为对象，以意思表示为之。破产抵销权的行使应以抵销的单方意思表示为之。这种意思表示，应向特定的对象作出。这一特定对象就是破产管理人。债权人向管理人提出破产抵销的主张，经管理人承认，始发生抵销的效果。具体说，①抵销的意思表示必须是明示的，并且必须送达管理人。②抵销的单方意思表示的生效虽不以管理人的同意为条件，但受到管理人否认的意思表示的阻却。这种否认表示可以是直接的，也可以是间接的。例如，债权人作出抵销的表示后，管理人对其发出履行债务的催告。这种催告意味着不承认此债务已经因抵销而消灭。在这种情况下，该破产债权人可以以破产抵销权作为拒绝履行的抗辩。由此引起的争议，可以向人民法院提起诉讼。
(2)破产抵销权的行使，应以债权申报为必要。破产抵销是债权人行使权利的一种特殊方式。债权申报是债权人参加破产程序的必要条件。因此，债权人只有在申报债权以后，才取得受破产法保护的地位。只有取得了破产法上的受保护地位，才有权对债务人财产提出种种权利请求。
债权申报的重要意义之一，就是使所有对债务人财产提出的请求，都经过债权人会议的审查和确认。通过这种集体审查程序，可以保证请求权的真实性和准确性，从而防止利用虚假债权侵蚀债务人财产从而损害全体债权人利益的情况发生。因此，未依法申报的债权，其真实性、准确性未经过债权人会议审查确认的，不能主张抵销。