(一)法律风险
主要包括：目标公司持续经营的合法性。收购前目标公司尚在正常生产经营，并不表示收购后也必然能够正常生产经营。目标公司设立过程中是否有特许情况，原审批过程中是否向有关管理部门作出过承诺，是否有受到过行政处罚，并购是否符合当时法律、法规和规范性文件的规定，并购是否须前置审批等环节均有可能存在并购障碍。收购标的是否履行了必要的资产评估、验资等程序，当处置标的涉及国有资产时则受限更多。如果是外资并购，行业准入则是首先要考虑的问题。另外，相对于收购方而言，导致收购合同效力瑕疵的风险更多的来自于出售方，如：是否有权出售资产或股权，签约前是否已履行了法定程序，是否已取得充分授权等均有可能使所签的收购协议无效或部分无效。
(二)价值风险
目标公司资产、债权债务等情况可能会影响并购的成败。当股权收购时，目标公司的债权债务不发生转移，是承继的。对如实记载于目标公司会计账簿的债权债务，收购方可以事先作出恰当评估，但对于或有负债或侵权之债只有当债权人主张时才会露出水面，如未能事先进入收购价格的评估考量范围，最终达成的交易价格必然存在价值风险。而当资产收购时，资产的所有权瑕疵、品质瑕疵等也须重点予以关注，如果在交易过程中资产被查封，那将是一件十分麻烦的事。
(三)税务风险
不论是资产收购还是股权收购，税务是无法避开的环节。表面上来看，资产收购的税务风险是可预测的，在可控范围内。双方仅需按税法规定测算所需缴纳的总费用，再约定交易税费如何分担即可。而在实际操作过程中，也会遇到无法完成交易的情况，辟如：出售方以往欠税未缴清，税务部门不同意开具交易发票导致无法办理权属过户。而股权收购时，税务风险则更多，如：目标公司欠税情况，有无不良记录，是否需补缴税款等。股权转让所得如何申报纳税，目标公司是否有代扣代缴义务等也会给并购增加成本风险。
(四)效益风险
目标公司的资产状况、经营能力、经营状况、竞争能力、技术能力、盈利能力、员工素质等都是效益风险的因素。特别是对于知识产权的收购，如：商标权、著作权、专利权、专有技术等，由于其效益的发挥好坏完全取决于原权利人或使用人，如果管理者或生产者不能顺利对接，再好的技术或权利对于收购方来说都不能物尽其用。
公司被并购重组不仅仅对公司有一定的影响，同时，也会对某个行业以及本国的经济造成一定程度的影响，因此，国家制定了相应的并购重组规定，对需要进行并购重组的企业进行管理，而作为并购重组的主体，在实施相应的措施之时，也需要承担一定的风险。