部队军人离婚孩子不满两周岁的，原则上会将孩子判给母亲抚养。如果子女已满两周岁，且父母双方对抚养问题协议不成的，人民法院会根据双方的具体情况，将孩子判给最有利于未成年子女成长的一方抚养。子女已满八周岁的，法院在对其抚养权作出判决时应尊重其真实意愿，即孩子愿意跟谁在一起生活，法院就会将孩子判给该方抚养。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。