法律分析：如果公司犯罪证据被排除，可以向证据排除决定提起上诉。但是，上诉只能针对证据排除决定本身，而不能对证据排除决定所排除的证据进行重新认定。
法律依据：
1.《刑事诉讼法》第六十四条规定：“当事人对证据的收集、保护、审查或者认定等程序有异议的，可以向法院提出书面申请。法院应当进行审查，不予采纳的，应当作出裁定并说明理由。”
2.《刑事诉讼法》第一百一十三条规定：“当事人对对证据的认定有异议的，应当在作出认定后十日内向法院提出书面申请；逾期的，视为认可。”
3.《刑法》第三十一条规定：“有罪推定不免除公诉机关举证证明被告人的罪行。”
因此，如果公司犯罪证据被排除，可以向证据排除决定提起上诉。但是，上诉只能针对证据排除决定本身，而不能对证据排除决定所排除的证据进行重新认定。