分公司申请破产后，在债务偿还前，要先从公司的财产中除去破产费用，剩余的财产再用来偿还债务。企业破产后的资产，不足以偿还所有的费用时，那么可以按照一定的比例，优先偿还破产的费用。分公司申请破产后， 一方面是为了对企业的资产进行管理，另一方面是为了方便保护债权人的利益。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国企业破产法》
第四十三条 破产费用和共益债务由债务人财产随时清偿。
债务人财产不足以清偿所有破产费用和共益债务的，先行清偿破产费用。
债务人财产不足以清偿所有破产费用或者共益债务的，按照比例清偿。
债务人财产不足以清偿破产费用的，管理人应当提请人民法院终结破产程序。人民法院应当自收到请求之日起十五日内裁定终结破产程序，并予以公告。