在股改方案执行的过程中，非流通股股东之间形成合伙关系，任何一个非流通股股东的违约行为、破产行为所造成的流通股股东的合同利益的损失均由其他的非流通股股东补偿。非流通股股东之间的利益分歧应由他们在不损害上市公司利益和流通股股东利益的前提下协商解决或通过诉讼解决。
在股改全面推行阶段，可能会发生由种种原因导致的非流通股股东不能对股权分置改革达成一致意见的情况。在上市公司的实际股权分布结构中，A股中非流通股的持有结构存在着两种情况：即一个股东全部持有和两个以上的股东分别持有。由于非流通股的持有股东是特定的，并且在股权分置改革中须由他们个别或者共同承担向流通股股东补偿利益的责任。当非流通股股东为独大的“一股股东”时，方案仅由其一人提出，经上市公司董事会认可后提交股东大会或者说让流通股股东集体表决，这时不存在非流通股股东之间的博弈和冲突，也不存在不具有控股地位的非流通股股东与流通股股东之间的利益较量，事情就简单的多。但是，如果存在多个非流通股股东，“一致同意”就因为各个股东对利益衡量的差别和“割肉”感受的痛楚不同而发生障碍，实际运行程序中必然要添加非流通股股东之间的磋商机制，这不仅会增加整体改革推进的时间成本，而且会使股改处于胶着状态。
正是因为非流通股股东个数的确定性，他们之间的先期协商更像是标准的合同关系，任何一方股东对股改方案的否决都会使整体改革工程搁浅甚至胎死腹中。因此，在非流通股股东中存在关键的少数的现象。因为非流通股本身的转手程序复杂，采取其他的方式以使其退出过程的参与只能是最后的选择。
非流通股股东关系的法律性质非流通股股东通过集体一致同意的方式向全体流通股股东提出一揽子解决全流通的方案，在该方案经公司董事会提交股东大会表决且经流通股股份的三分之二同意后，合同关系正式成立。由于非流通股股东都是利益独立的个体主体，且以决议草案的集体名义向流通股股东提出，因此在方案执行的过程中，全体非流通股股东对流通股股东如同公司发起人一样承担连带责任，即非流通股股东之间形成合伙关系，任何一个非流通股股东的违约行为、破产行为所造成的流通股股东的合同利益的损失均由其他的非流通股股东补偿。非流通股股东之间的利益分歧应由他们在不损害上市公司利益和流通股股东利益的前提下协商解决或通过诉讼解决。当然，这种合伙关系仅仅存在于股改的特定事务关系中，不可能作其他的扩大适用。
也正是基于以上原因，以及加上非流通股股东人数的特定性以及由他们必须在股改中承担向流通股股东补偿利益损失的责任，故此在决议形成的过程中按一般法理要求其全体一致通过是适当的。同理，由于流通股股东的高度分散，主体的意志表达如果不进入资本表决的程序安排，就不可能形成任何有效的决议；但是如规定过低的通过比例如二分之一（过半数）以上，则会失去相关决议的权威性，三分之二以上（包括三分之二）是一个恰当的安排。至于没有规定流通股股东参与投票的最低比例，我认为这与我国现行公司法对股东大会、临时股东大会没有规定定足数是一致的，只要在公司通知全体股东投票的工作上多下功夫也就够了，我们不能不顾及中小股东乐于“搭便车”的现实，尽管中小股东知道这次的投票对他们利益的影响力。正所谓“天上掉纱帽，头得伸一下”，更何况可以利用网络参加投票。虽然，流通股股东没有对合同的修改建议权，但是只要投票反对非流通股股东的方案，使其不足三分之二的支持率，就会有机会迫使非流通股股东作出新的让步。
意见分歧原因何在上市公司中的控制股东以外的持有非流通股股份的战略投资者们，其在上市公司中的地位具有两面性：一方面，他们曾经作为合伙人与其他发起人一道组建股份公司，他们以一元一股的成本价获取了公司的股份，并享受了流通股股东溢价买股对公司所作的资本公积金的贡献的利益以及股息红利的分配，他们所持股份的不流通同样已经成为流通股股东利益预期的锁定参考系数；另一方面，他们相对于控制股东而言，也是中小股东，在上市公司治理结构混乱的前些年，他们目睹了控制股东对上市公司滥权掠夺行径而无能为力，他们同样是利益受害者。而如今的股权分置改革又要他们同大股东一样承担责任，除了利益平衡的考量之外，他们还可能要经受心理平衡的磨炼。然而，股改所提供的上市公司股权结构的重新安排毕竟给他们展示了某种商业的机会，一方面控制股东因为将让出更大的持股份额，势必在一定程度上弱化对上市公司的控制；另一方面以可接受的牺牲把死水换成活水也是物有所值的交易。
从方案产生的源头上讲，非流通股股东必得首先就改革方案达成一致同意的协议后，才能交由董事会讨论后提交股东大会表决。控制股东事实上就是非流通股股东协调会议的召集人。非流通股股东不能达成一致意见的情况可能发生在方案根本无法产生之时，也可能发生在方案被流通股股东拒绝以后的再次形成过程中，但无论如何达成一致意见是一个法定条件，这是全部程序进行的第一步。
上市公司中控制股东和其他非流通股股东之间就股权分置改革方案的提出所进行的磋商，不仅涉及全体非流通股股东与流通股股东之间的股权利益重组安排，还涉及控股股东与一般非流通股股东之间的利益调整。因为这次的股权分置改革仅仅就股份的全流通作出安排，改革的目标单一，不同时牵动公司治理结构、公司控制权与监督权的复杂事务的安排，这样就有可能甩开一些包袱而直击目标。面临改革的总体趋势和依托政府、社会股东群体的推力，以及基本合理的利益调整设计，多数上市公司的非流通股股东是可以稳妥拿捏自身所处的环境和手中所持的谈判砝码的，经过协商甚至计算、争吵最终会达成一致同意的意见的，但是不排除个别公司因种种原因而无法实现这一步。
这里的原因可能很多，也很复杂，如：大股东为自身利益考量，提出股权分置改革分两步走，第一步先让非控股的非流通股股东减送股份给流通股股东，自己的股份放在第二步，中小非流通股股东可能不信任大股东而反对；大股东实际侵占上市公司巨额利益，中小型非流通股股东对其提出异议，大股东未及时归还或未承诺按期归还，个别股东以“鱼死网破”之精神反对股权分置改革方案形成；个别股东因故或无故不参加协调会议（所谓“股东丢失”）；协调会议虽然如期举行，但不能形成一致意见。非流通股股东所持股份因被设定质押、或为法院冻结的可能影响投票权的行使。不管是何种原因造成非流通股股东未能达成一致意见的，股权分置改革就不能进行下一步的工作。
如何走出困境股改公司的非流通股股东经首次由控股股东召集的协调会议未能达成一致意见时，控股股东承担继续就其他非流通股股东提出的意见进行方案修改的义务，（如果首次会议是因为某个或某些非流通股股东没有参加会议的情况同样适用），可以在适当时间举行第二次会议。两次协调会议仍然不能达成一致意见的，由公司董事会委托中介机构起草关于该事项的《特别决议草案》，准备提交临时股东会议表决。两次会议举行的事实情况应当由控股股东、董事会负责向全体股东披露。但是，反对改革方案的股东所持公司股份合并达到百分之二十以上的，公司应当举行第三次协调会议。决议草案应当结合该公司的实际状况和不能达成一致意见的具体事由选择规定：
第一，反对股权分置改革方案的非流通股股东可以选择以净资产值比价让公司回购股份。该回购的股份在临时股东大会讨论股改方案时不计算其投票权，在股改完成后由公司另行发行出去，因此不必启动公司减资程序，但用以支付回购股份的资金数量较大时（如超过500万元）为保护债权人利益除外。
第二，在临时股东大会召集举行表决股改方案时，非流通股股东或不参加会议或虽参加会议但不投票的，视为同意股改方案。
第三，在公司董事会通知召开的临时股东大会讨论决议股改方案的会议召开三天前，反对股改方案的非流通股股东可以向公司提出回购股份的书面请求，否则，其无权提出回购股份的请求，其所持股份丧失针对股改方案的投票权，或者视为同意股改方案。
被设定质押、或被法院扣押的非流通股股东所持的股份的表决权应当依据交易所的有关规则安排投票。
关于《特别决议草案》的表决应当视同为公司的重大事项，须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过才为有效。
需要说明的是，由于股改不属于公司常态经营时的一种情况，因此临时股东大会就前述《特别决议草案》所表达的事项不应当记载于公司章程，没有必要形成公司章程的修正案。另外，讨论《特别决议草案》的临时股东大会与讨论股改方案的临时股东大会不可以同时进行，两个会议的期间应不少于50天，以便让反对股改方案的非流通股股东有足够的时间合理计算自己的权益适当行权，也符合公司法关于召开临时股东大会的通知精神。
在公司临时股东大会通过《特别决议草案》后，反对股改方案的非流通股股东可以向法院提出决议无效的诉讼。
一、表决权的行使
在公司盈利时，股东都希望自己的股份多一些，因此在减资时希望自己的股份少减一些，以此获得尽可能多的利润，而在公司亏损的场合，每个股东都希望自己的股份多减一些，这样公司退回的资本也就多一些，从而减小投资亏损；同时，由于股东的表决权是按照出资或股份的比例行使，不等比例减资直接影响到股东表决权的比例，有些股东处于控制公司表决权的目的，希望其他股东多减一些出资。
因此，减资的比例是否相同直接关系到股东的切身利益。有学者认为，为保护弱小股东的利益，各股东减资比例应该一致，不论股东大小，其股份比例都应按同一比例减少；减资的结果应该平等，即减资不应影响到公司的股本结构，每个股东在公司总股本中所占比重不应发生变化。
此观点没有看到公司在赢利和亏损情况下股东减资的意愿有所不同，在公司经营亏损的情况下，个别股东愿意多减出资或股份甚至退出公司并且其他股东也同意；或者，在公司赢利的情况下，个别股东愿意退出公司或少减出资且其他股东同意，如果仍坚持等比例减资其实是对股东处分权的妨害，也是对股东意思自治原则的违反。公司是依据章程设立的，章程则是股东因合意而达成的契约。经全体股东协商一致而导致股权比例发生变化正是股东意思自治原则的体现。尽管股份有限公司的章程不记载除发起人以外的股东名称及持股比例，但全体股东合意而为的行为仍是意思自治的体现，只不过因股东人数众多，股份有限公司全体股东达成一致的可能性很小，特别在上市股份有限公司，但在股东人数较少的非上市股份有限公司，股东达成一致的可能性是存在的。