1.犯罪主体不同，挪用公款的犯罪主体是特殊主体;挪用特定款物罪的主体是经手、管理特定款物的工作人员，也就是对特定款物有调拨、保管、分配、使用的直接责任人员。
2.犯罪目的不同，挪用公款罪的目的是为了个人使用或者为;他人进行非法活动、营利活动;挪用特定款物罪的目的是为了单位另行使用。将特定款物用于改建楼堂馆所等。
3.犯罪客体不同，挪用公款罪侵犯的客体室复杂客体，主要是国家工作人员的职务廉洁性，其次是侵犯了国家对公共财产的使用、处分权;挪用特定款物罪侵犯的客体室国家财经管理制度及国家对特定款物的管理权。
4.犯罪的客观方面不同，挪用公款罪表现为行为人利用职务上的便利，实施了挪用公款数额较大的行为;挪用特定款物罪表现为行为人将自己保管或经手的特定款物，未经批准，擅自调拨，用于其他方面。实施挪用特定款物，情节严重，挪用数额巨大，影响恶劣，这种挪用行为无论是用于非法用途还是合法用途，都构成挪用。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》
第三百八十四条 国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役;情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，从重处罚。
第二百七十三条 挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物，情节严重，致使国家和人民群众利益遭受重大损害的，对直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役;情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。