农村合作医疗的报销流程如下：首先，参保者出院后需将住院发票、出院记录、费用清单、转诊证明及本人身份证复印件或户籍证明缴本乡镇合管所，经审核后集中统一送交市农保业务管理中心。未记载的医药费用以及城镇职工医疗保险规定不予报销的诊疗项目不纳入报销范围。所有医药费用报销时须提供发票原件，年度内住院1次以上的医药费用须分次按比例结报，不得累加计算。其次，对于在市外二级及二级以上公立医疗机构医院住院治疗的参保患者，应在出院后三个月内，由参保人或其家属带医药费用原始发票（复印件无效）、住院医药费用汇总明细清单、出院小结及门诊病历、患者身份证、医疗卡、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。特殊病种门诊报销可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病历及有关检查、化验报告等相关资料及医疗机构证明书，以及《黄岩区新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经区新农合办审核批准后，其门诊医药费用（不包括支持疗法、辅助治疗或治疗其他疾病的医药费用）可以列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位报销。最后，因意外伤害的住院患者，出院后还需提交由户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明以及医院的病案记录。对于无法提供有效证明及记录的，不予受理。报销周期为经区行政服务中心一楼新农合窗口受理起30个工作日内完成，经新农合业管中心稽查人员调查、审核，属实后予以报销；责任由第三方负责的，不予报销；住院患者自己也承担部分责任的，凭协议书或相关证明到区行政服务中心一楼新农合窗口报销自己承担部分的医药费用。