自然人股权变更需交个人所得税和印花税。个人所得税按转让收入减原值和费用后余额，以20%税率计算。若以原价转让，则不交个人所得税。双方需根据股权转让书据缴纳印花税，税率为所载金额的5‰。依据《中华人民共和国税收征收管理法》，此法旨在规范税收征收和缴纳行为，保护纳税人权益，促进经济社会发展。纳税人和扣缴义务人必须按法规缴纳税款。
法律分析
自然人股权变更需要交个人所得税和印花税。以转让股权的收入额减除原值和合理费用后的余额，适用百分之二十的比例税率，计算缴纳个人所得税。但是，如果转让方以原价转让的，不交个人所得税。双方按照产权转移就股权转让书据计贴印花税。适用税率为书据所载金额5‰。法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
第四条法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
拓展延伸
农民专业合作社股权转让对税务申报的影响
农民专业合作社股权转让对税务申报有着重要的影响。在股权转让过程中，涉及到的税务事项包括个人所得税、企业所得税以及印花税等。首先，对于股权转让方来说，根据个人所得税法规定，转让股权所得需要缴纳相应的个人所得税。其次，对于合作社作为企业来说，股权转让会涉及到企业所得税的处理，需要根据相关规定进行申报和缴纳。此外，股权转让过程中的合同签订也需要缴纳印花税。因此，在进行农民专业合作社股权转让时，需要充分了解税务规定，确保合规申报，避免产生税务风险和纠纷。
结语
根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，自然人股权变更涉及个人所得税和印花税的缴纳。转让股权所得按照比例税率计算个人所得税，但如果以原价转让则不需要缴纳个人所得税。双方需按照产权转移办理股权转让书据并缴纳印花税，税率为书据所载金额的5‰。在农民专业合作社股权转让中，个人所得税、企业所得税和印花税等税务事项需认真申报和缴纳，以确保合规操作并避免潜在风险和纠纷。
法律依据
中华人民共和国企业所得税法实施条例（2019修订）： 第二章 应纳税所得额 第二节 收 入 第二十一条 企业所得税法第六条第(八)项所称接受捐赠收入，是指企业接受的来自其他企业、组织或者个人无偿给予的货币性资产、非货币性资产。
接受捐赠收入，按照实际收到捐赠资产的日期确认收入的实现。
中华人民共和国企业所得税法（2018修正）：第二章 应纳税所得额 第二十条 本章规定的收入、扣除的具体范围、标准和资产的税务处理的具体办法，由国务院财政、税务主管部门规定。
中华人民共和国企业所得税法实施条例（2019修订）： 第二章 应纳税所得额 第三节 扣 除 第三十九条 企业在货币交易中，以及纳税年度终了时将人民币以外的货币性资产、负债按照期末即期人民币汇率中间价折算为人民币时产生的汇兑损失，除已经计入有关资产成本以及与向所有者进行利润分配相关的部分外，准予扣除。