法律分析：
先申请工伤认定，再申请劳动仲裁。因为只有申请了工伤认定，才有申请劳动仲裁、主张工伤赔偿的证据。当然，如果认定工伤时对劳动关系存在异议，需要先通过劳动仲裁确认劳动关系才行。
二者区别：如果先进行工伤认定，再申请劳动仲裁时，才能得到劳动争议仲裁委和法院的支持，在劳动争议被受理后工伤认定会中止，在劳动争议裁决后恢复工伤认定程序；如果先申请劳动仲裁，工伤认定是以仲裁结果为基础的。
法律依据：
《工伤保险条例》 第十七条 职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。