员工自动离职,用人单位有证据证明因员工自离而遭受损失的,可以向员工追偿的,届时员工可能会承担损害赔偿责任,需要依据公司规章制度执行。但是公司不可以因员工自离而克扣工资,《工资支付暂行规定》第九条规定,劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时,用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。如自离员工因此被公司克扣工资的,可以向当地的劳动监察大队投诉或提起劳动仲裁处理解决。,法律依据,《中华人民共和国劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行规定》第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时,用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。,法律依据,《中华人民共和国劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。,《工资支付暂行规定》第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时,用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。