办理个人专项附加扣除的流程:该专项附加扣除可以由单位办理申报或者个人自行申报,单位可在按月发工资预扣税款时办理。对于除大病医疗以外,对其他五项扣除,都可以选择在单位发放工资薪金时,按月享受专项附加扣除政策。