离婚协议巨额补偿款是有效的。但需要满足双方协商一致、主体适格、不违反法律规定等条件。根据相关法律规定,夫妻一方因抚育子女、照料老年人、协助另一方工作等负担较多义务,双方离婚时,可以就补偿进行协商,协商不成的,由人民法院判决。
《中华人民共和国民法典》第一千零八十七条离婚时,夫妻的共同财产由双方协议处理;协议不成的,由人民法院根据财产的具体情况,按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等,应当依法予以保护。《中华人民共和国民法典》第一千零八十八条夫妻一方因抚育子女、照料老年人、协助另一方工作等负担较多义务的,离婚时有权向另一方请求补偿,另一方应当给予补偿。具体办法由双方协议;协议不成的,由人民法院判决。