公积金贷款月供是从关联的银行卡或是公积金卡里直接定时扣除。而如果住房公积金账户里余额不够了，则会继续从客户绑定的还款银行卡里扣款。
当然，公积金对冲还贷除了月冲方式以外，还可以选择年冲。与月冲是每月逐期从公积金账户扣除相应金额用于还款不同，年冲是每年一次性扣除公积金账户余额用以冲抵应还本金。而冲抵后，月还款额将重新计算，后续客户再按时逐期还款即可，记得及时充钱进还款银行卡，系统会自动从卡里扣款。
法律依据：
《国务院机关事务管理局中央国家机关住房资金管理中心、北京住房公积金管理中心中央国家机关分中心关于实行住房公积金贷款自由还款方式的通知》
一、自2007年11月1日（含）起，对于新受理的贷款，全部实行自由还款方式。借款人不再采用等额本金还款方式。
二、自由还款方式实行固定日期还款，即借款人自贷款划付当月的下一个月起，按月偿还贷款本息，还款日为贷款划付日在该月的对应日；若在某月无对应的还款日，则该月的最后1个工作日为还款日。
三、还款期内，在不低于月最低还款额度的基础上，借款人可以自由选择每月的还款额度。月最低还款额度为按照等额本息还款方式计算的月均还款金额。贷款期限在1年以上的，若遇国家调整个人住房公积金贷款利率，月最低还款额度要按照调整后的利率予以重新核定。