网上办理港澳通行证的流程是：打开所属市的公安局出入境便民网。在个人业务中，已有通行证的，申请往来港澳个人旅游签注应点击已有通行证，然后进入申请协议书页面，阅读申请协议书后选择接受。根据自己的实际情况填完个人信息，最后确认提交，提交后等快递来取港澳通行证。
《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第三条 内地公民因私事前往香港、澳门，凭我国公安机关签发的前往港澳通行证或者往来港澳通行证从指定的口岸通行；返回内地也可以从其他对外开放的口岸通行。指定的口岸；往香港是 深圳 ，往澳门是拱北。